近年来，随着对人体微生物组研究的不断深入，科学工作者们发现，肠道微生物与人体多种疾病息息相关。

肠道微生物中占主要的部分是肠道细菌，占到粪便重量的30-40%。肠道细菌的数量众多，达到百万亿的级别，为人体细胞数量的数十倍，是当之无愧的人体第二基因组。大肠在消化系统中负责吸收水分、无机盐，参与机体对水盐电解质平衡的调节，在其中肠道菌群对消化酶不能降解的纤维素、木聚糖、淀粉等进行发酵，产生短链脂肪酸、血管活性物质及炎性介质等，调节人体消化吸收、人体免疫、炎性反应等，参与调节肠道黏液的分泌等，形成抵抗有害细菌侵袭的屏障，对人体健康具有重要的意义。肠道菌群中的菌根据对人体的影响可分为三类：有益菌、中性菌和有害菌。不同种类的微生物发挥着不同的作用，保持健康抑或导致疾病的产生。
 

因此肠道菌群的状况与健康状态息息相关，当肠道菌群状态良好时，肠道微生态平衡良好，保证肠道有正常的功能，保持身体有个良好的状态，产生正常的免疫反应，而当肠道菌群状态不佳时，肠道微生态发生失调，产生异常代谢产物及内毒素等，可能使人发生腹泻、便秘、免疫紊乱、过敏等诸多问题。
 

大量研究证明，肠道微生物是一些慢性疾病的晴雨表。其中包括消化道类疾病如结肠炎、结肠癌，还包括代谢类疾病如肥胖和II型糖尿病，免疫性疾病如类风湿关节炎以及一些精神疾病如抑郁症、焦虑症等，这些慢性病的发生发展都和肠道菌群紊乱关系密切。